マニュアルの普通自動車の免許の学科試験についてです。オートマチック

マニュアルの普通自動車の免許の学科試験についてです。オートマチック車についての問題も出てきますか？

出てきます。それどころか二輪車や貨物車の問題も出ます。
学科試験の問題はAT限定であってもマニュアル(限定なし)であっても、共通の問題です。準中型、大型特殊、自動二輪の免許の学科試験も普通免許の学科試験と同じ問題です。

当然です。二輪車に関する問題もあります。