普通自動車の免許でマニュアル原付は運転できますか？ - 出来ますけど、

普通自動車の免許でマニュアル原付は運転できますか？

出来ますけど、誰かに教えてもらったがいいね。

50㏄の原付バイクなら、ＭＴ＆ＡＴは問いません。

原付免許は普通免許の下位免許なので、普通免許がAT限定でも原付にAT限定はつきません。
同様に二輪免許がAT限定であっても原付はAT限定にはなりません。
それから身体障害を理由に
原付はATに限る
原付は三輪に限る
とかいう限定もあるそうです。

マニュアル原付なんてありません

原付にミッション区分はありませんのです

原付免許にAT限定はありませんので、問題なく運転出来ます。