普通免許持ちで、原付での違反で点数がひかれて初心運転者講習を受け

普通免許持ちで、原付での違反で点数がひかれて初心運転者講習を受ける場合、車の講習なのか原付の講習どちらですか？

違反しておきながら点数が引かれるって、どんな状況だ？。
（免許の点数は、足し算方式。引き算では無い）
それとも、日本以外の話？

普通免許の初心運転者期間では、普通自動車を運転中の違反のみが制度の対象ですから、原付での違反で初心運転者講習の受講対象になることはありません。
普通免許の取得から1年が経過するまでに、普通自動車を運転中の違反による点数が合計3点以上（1回の違反で3点の場合は合計4点以上）になると、初心運転者講習です。
~原付での違反・・点数制度上で累積するのみ（前歴0回累積6点以上になると、違反者講習や免許停止処分）
~普通自動車での違反・・点数制度上で累積すると同時に、初心運転者期間制度の点数計算も行われます。

普通免許を持っているので車の講習でしょうね。
原付免許しか持っていなければ原付の講習です。

交通違反の点数制度は加点式なので、引かれる事はありません。
初心運転者講習の内容は車種により異なります。原付は4時間、それ以外は7時間です。ただ、座学については全て共通で、異なるのは実車講習の部分ですね。それぞれの免許に対応した車両を使って行うので、料金にも違いがあります。