AT限定の車の免許を取ったのですが、MTの50ccのバイクは乗れるのでしょ

AT限定の車の免許を取ったのですが、MTの50ccのバイクは乗れるのでしょうか？

乗れますよ。原付はATもMTも区別が有りません。

原付免許にマニュアルとATの区別はないので問題ない。