普通免許で1年経過していない時に - 原付免許は既に2年以上

普通免許で1年経過していない時に
原付免許は既に2年以上経過していて
先日2段階右折で反則金を払いました
一昨日にフィット FITで2点の違反をしてしまって
累計が3点になったんですけど
この場合は初心者講習の対象になるのでしょうか？

普通自動車免許が1年未満で、原付免許が2年以上なら、普通自動車免許を取得する前に、原付の初心者期間は終了していますね。もっとも、仮に原付免許の取得から1年以内であっても、上位に当たる普通自動車免許の取得により、原付の初心者期間は終了します。
現在は普通自動車の初心者期間で、対象となる違反は普通自動車によるものに限られ、原付の違反が影響することはありません。フィット(普通自動車)の違反が2点だけなら、まだ初心者講習の対象にはなりません。
ただし、免停や取消の処分の基準となる累積点数は車種に関係ありません。現在が3点ならあと3点で30日免停の対象になります。

ならない。
初心運転者期間は免許区分ごとの累積で、期間固有の特別な罰則がある。
それが、累積で３点以上の講習や再試験。
ここで重要なのが"区分ごと"と言うこと。
普通一種取得以前に原付免許を取得していたかどうかには関係なく、原付区分の違反は普通一種区分の初心運転者期間の個別の累積の範疇外。
現在、４輪の違反は累積２点のみなので３点以上(一発３点の場合４点以上)の初心運転者講習の対象には満たないし、全区分合計の累積は２+２で４点であるから、６点以上の免停その他の対象にも満たない。
現状、呼び出しは来ない。

この場合は初心者講習の対象になるのでしょうか？
該当しません

一度目の違反が原付での違反なので、まだ普通自動車免許の初心者特例には該当しません。
普通自動車免許取得から1年以内にもう一度普通車（軽自動車）で何らかの違反をすると初心者特例の対象になります。
尚、行政処分（免停処分など）の点数は免種に関わりなく合算します。