普通免許を持っていて原付を運転していて原付で違反した場合は普通免許

普通免許を持っていて原付を運転していて原付で違反した場合は普通免許の方に違反点数がつくんですか？

自動車免許以外に付くところないと思いますが､､、

仮にたくさんの免許を持っていたとして…どの車両で違反しても免許証は1枚ですから、まとめて累積されます。
例えば…原付と普通免許と普通二輪免許を持っていた人が、原付で違反を繰り返し免停処分になれば、すべての免許が「停止処分」ですよ。

免許に違反点数等付きません。違反者に対して点数が付くんだよ。
運転免許は何の資格を取得しているか証明するもの。
無免許運転の違反点数は25点です。免許も無いのに免許に違反点数付くわけ無いでしょ。免許に違反点数が付くのが間違いだと言うことが、無免許運転の違反点数で証明されているんです。

運転免許証でひとつだけ
何の種類であっても所有している免許に加点

当然です。免許の種類には関係なく貴方自身に対する違反点数として加算されます。

免許に違反点数が付くわけじゃない
運転者に違反点数は付くの
だから車両が変わっても運転者としての違反点数は変わらない