免許取得と更新について。先日教習所を卒業して、これから免許センター

免許取得と更新について。
先日教習所を卒業して、これから免許センターに本免試験を受けに行くところなのですが、以前からもっている原付免許の更新の時期とちゃうと被ってしまっています。
この場合、原付免許を残すには免許交付手数料+更新料がかかってしまうのでしょうか？
またもし更新しない場合はそのまま本免試験だけ受験して、原付免許だけ消えてしまうという形なのでしょうか？

よろしくお願いします。

大丈夫です。
原付の免許の取得表記は残ります。

誕生日以後に併記すれば丸く安く収まります。
これがベストな選択だと思います。

手持ちの免許証に他の種類の免許を追加する手続きは「併記」と言います。免許の有効期限は、更新と併記の際に見直されます。
現在が運転免許の更新期間中であるなら、更新をせず併記手続きをすれば、期限が3回目または5回目の誕生日の1カ月後に延びますので、更新をしなくて良くなります(更新ができなくなります)。更新費用も不要になり、更新時講習も受けなくて良くなります。
逆に、先に更新をすると、そのあとすぐに併記の手続きを別途しなくてはならなくなります。更新手続きの費用と講習、更に併記手続きの費用がかかりますし、更新で交付されたばかりの運転免許証をすぐ返納すると言う無駄が起きます。なので、更新期間中に併記ができるなら、併記だけをするのが普通です。
注意点として、更新期間中でも誕生日より前に併記の手続きをすると、その直後の誕生日が1回目として数えられてしまい、免許の有効期限が1年短くなります。どうしても急いで車に乗る必要があれば別ですが、無いなら誕生日当日以降まで併記手続きを待った方がいいでしょう。
「原付免許を残すには免許交付手数料+更新料がかかってしまうのでしょうか？」
いいえ。更新や併記の手続きでは、既に持っている種類の免許はそのまま残ります。
「もし更新しない場合はそのまま本免試験だけ受験して、原付免許だけ消えてしまうという形なのでしょうか？」
併記手続きは、新たな種類を追加する手続きです。既存の種類には関係ありません。また、運転免許は人に一枚で、期限も人に一つです。車種別に期限がある訳ではありませんよ。

原付免許が失効すれば、公布日の記載はなくなります。原付免許があれば免許証を返納して追加で記載された免許証が発行されます。

センターに行くのならそこの職員に聞くのが1番いいのでは