AT限定小型自動二輪免許で50ccのMTは乗っても大丈夫です

AT限定小型自動二輪免許で50ccのMTは乗っても大丈夫ですか？

原付にはAT限定はありません。
基本的に原付は学科試験だけで乗れるものなので原付の学科より上の二輪や四輪の免許が有ればATMT関係無く乗れます。

AT限定小型自動二輪免許で50ccのMTは乗っても大丈夫ですか？
運転しても良い・違反にはなりません

問題無いです。原付であれば。