20年ほど前のはなしになりますが、二輪免許所持でも普通自動車の学科教習が免除に

20年ほど前のはなしになりますが、二輪免許所持でも普通自動車の学科教習が免除にならなかったそうですが、本免の学科試験も免除にならなかったのでしょうか？

はい、そうです。
当時の名称は自動二輪でしたが、普通免許を取る場合は学科と技能教習は数時間程度免除になるだけで、仮免許も本免許も学科試験がありました。
逆に普通免許所持で自動二輪免許を取る場合は、学科が8時間程度、技能が10時間程度で取得でき、免許センターでの学科試験も免除でした。
今のように学科試験が共通になったのは、平成8年の改正、つまり自動二輪免許が普通二輪と大型二輪免許に分かれたときだったと思います。

免除に成りません。