車の免許があっても、小型限定普通二輪免許・AT小型限定普通二輪免許は別

車の免許があっても、小型限定普通二輪免許・AT小型限定普通二輪免許 は別に免許を取る必要があるのでしょうか？それとも、学科が免除されるのでしょうか？

実技のテストのみ。
教習所卒業なら、実技免除の書類だして、バイクの免許の併記をするだけ。試験は何もしないでいいです。

クルマの免許を取得した際、
技能試験（大抵の場合は指定教習所の卒検）と学科試験（マークシート方式の筆記試験）があったように、
二輪の免許でも、技能試験と学科試験の2つの試験があります。
ただし、学科試験に関しては、一度取得すれば同じ試験ですので免除になります。
つまり、クルマの免許を持っている人は、技能試験だけ受かれば良いのです。

>別に免許を取る必要があるのでしょうか？
はい。原付以外の２輪は別免許が必要です。
>それとも、学科が免除されるのでしょうか？
「それとも」の意味が不明ですが、
学科は道交法の教習試験であり、
２輪の道交法・４輪の道交法などの
区分はないので共通です。
共通だから免除です。
技能は当然免除されません。

普通免許をお持ちなら教習所で実技教習のみ実施し、卒検を合格できれば免許センターで手続きして免許取得となります。
学科試験は既に普通免許の時に合格しているので免除となり、免許センターでの筆記試験はありません。

学科免除、実技はあり。

学科は免除
技能は必修