大型二輪免許を取りたいのですが、普通自動車の免許はオートマで持っています

大型二輪免許を取りたいのですが、普通自動車の免許はオートマで持っています。そうすると免許の学科試験は免除になるのですか？

オートマ限定免許も立派な「普通免許」ですので、
免除されます。
例え大型二輪免許をマニュアルで取ろうと思っても
学科試験は免除となります。

免除です。
試験は道交法の試験です。
２輪の法律
４輪の法律
という区分けがないのと同じで、
ＭＴの法律
ＡＴの法律
という区分けもないです。
だから試験は共通です。
共通ですから免除です。
今後学科が必要になるのは、
基本旅客に必要な２種免許をとる時に
なると思います。

あなたは認知症なんでしょうか。

学科自体には限定なし、AT限定の違いはありませんので。

なります。