免許センターでの免許更新で、2つの資格？を同時に申請することは可能でしょう

免許センターでの免許更新で、2つの資格？を同時に申請することは可能でしょうか？
現在準中型免許at限定を持っている状態です。そこで普通二輪と準中型免許のat解除の教習を終えたのですが、2つ同時に更新しに行くと、安くなるのでしょうか？

AT準中型免許の限定解除申請と、AT解除された中型免許への普通二輪の併記申請という順序になると思います。
この場合、更新は必要ないですが、新たな有効期限は、誕生日前にやると目の前の誕生日を1回目とされますから、誕生日後１か月の間に申請すれば、翌年の誕生日を１回目として有効期間が決まりますから、１年長くなる免許証が交付されます。
手数料は、限定解除書面審査手数料と、併記申請手数料が必要ですが、更新手数料はありません。

普通二輪の申請は「併記」、AT解除の申請は「限定解除」といい、申請の内容が違うので、同時にはできません。
併記は申請して適性検査合格後、講習を受けて、新しい免許証が発行されます。
限定解除は申請したら、免許証の裏にハンコを押されるだけですぐ終わります。
免許センターにもよりますが、「併記」と「限定解除」の受付時間等が違うことがありますので、確認して申請に行かれた方がいいです。
もちろん、申請方法が違うので金額も個別です。
あなたが書いている「更新」とは違う申請ですのでお間違えの無いように。

そもそも、別々に免許更新なんてできません。

ならない