車の免許を習得する時にATとMTがあるみたいなのですが軽自動

車の免許を習得する時にATとMTがあるみたいなのですが軽自動車やヴォクシー VOXYなどを運転する場合はどちらを習得するのがいいのでしょうか。
車に関しては無知なので詳しく教えていただけると幸いです。

AT限定で良いですよ。
新車販売の99%がATです。
MTは絶滅決定種。出会う事がレアケースです。

免許合宿でMTを受けたのですが特に問題はありませんでした。
ATとMTを比べた場合は確かにATのほうが運転は楽です。が、楽といっても殆ど差は無く強いて言えば
「MT＝AT＋１操作」
といった具合で気にするものではないです。つまりギア操作が加わるわけですが逆を言えばそれだけ。
クラッチ操作も運転教習2時間目で感覚を掴みました。料金が二万円ほど高くなりそうですがMT免許を取っておくのは保険として良いでしょう。今取ればAT・MTともに対応できるのですから価値は有ります。
MT教習のコツはシステムを理解する事です。youtubeにupされているクラッチの動画を見ておくのをお勧めします。これを見てクラッチのコツを掴みました。
https://www.youtube.com/watch?v=nr3wzZ9d5ig

現在の一般的な乗用車は、ほとんどAT（2ペダル）車です。
私は一生AT車しか乗らない。と言うのならAT免許でいいと思いますよ。
ただ、私個人的にはMT車も経験しておくべきだと思います。
私は40代ですが、私が免許を取得した頃はAT免許自体が存在しませんでしたから。
みんなMT車で教習を受け、免許を取得してからATだろうがMTだろうが好きな方に乗る。
それがあたりまえでしたからね。
ひとつだけ確実に言えるのはMTで免許を取った人の方が、そのままMT車を買おうがAT車に乗ろうが、運転は上手ですね！
ATは楽なだけじゃありません。ATならではの（怖さ）もありますから。MTに乗れる人ならその違いがわかります。
それを知ってるのと知らないとでは、大きな差がありますから。

車の免許を習得する時にATとMTがあるみたいなのですが

普通自動車免許
ＭＴ・３ペダル車
ＡＴ・２ペダル車
運転可能な免許
普通自動車ＡＴ限定免許
ＡＴ・２ペダル車
運転可能な免許
ＭＴ・３ペダル車
運転可能不可能

「車の免許を習得する時にATとMTがあるみたい」
正しくは、AT限定がついている免許と、ついていない免許です。AT限定がついている免許では、クラッチペダルの操作が必要な車両(MT車)を運転できませんが、教習所の教習時間と料金が限定なしより少なくて済みます。
「軽自動車やヴォクシーなどを運転する場合はどちらを習得するのがいいのでしょうか」
現行の一般の市販車は殆どが、クラッチペダルのないAT車ですので、AT限定つきの免許で不自由をすることはありません。自宅や仕事先の車がクラッチペダルつきのMT車であるなら、あるいはAT限定がつけられない準中型や中型の自動車の免許を将来取る予定があるなら、AT限定なしで免許を取得する必要があると思いますが、そうでなければAT限定付きで構わないと思いますよ。
それに、仮にAT限定なしで免許を取得したとしても、自宅や職場にMT車がなければ実際に経験する機会が得られませんから、苦労して憶えたMT車の操作方法を忘れてしまうでしょう。AT限定なしで免許を取るなら、購入する車もMT車にして経験を積む必要がありますが、殆どの市販車がAT車である現代では、MT車を買うのも一苦労です。そうまでしてMT車に乗る必要はないですよね？。

まずはじめに、AT限定免許で運転できる車種は全てMT免許でも運転できるということを念のため申し上げておきます。
逆にAT免許では運転できて、MT免許では運転できない車種というものは存在しません。今後法律が変わったとしても既得権益は維持されるため、とりあえずMTで取っておけば上位免許が必要な特定準中型以上の車や免許体系が別になっている二輪の自動車、大型特殊自動車、二種免許の必要な営業車以外は全て運転できます。
AT限定免許では、車速の変化に応じてエンジンの最大トルクを引き出すためにギア比を変更する「トランスミッション」と呼ばれる装置が「AT」「セミAT」「CVT」「DCT」「AGS」の内燃車、およびそもそもトランスミッションの存在しない電気自動車（e-Power含む）や燃料電池車、蒸気自動車を運転できます。MT免許では、これらに加えて「MT」の内燃車が運転できます。

ヴォクシーは全車CVTなので、AT、MTどちらの免許でも運転できます。
軽自動車は車種によります。
比較対象にヴォクシーを出しているので、まずはN-Boxやウェイク、タント、スペーシアのような「軽ミニバン」の場合ですが、これらも全車CVTなのでどちらの免許でも運転できます。
それよりはやや小ぶりなワゴンRやムーブの場合、CVTとMTの両方がラインナップされていますので、AT限定免許を取得した場合は新車購入する場合はCVTに比べ廉価となるMTの選択ができません。また、中古購入する場合もMTは選べないため、選択肢が狭まります。このようにATやCVTとMTの両方がラインナップされている場合は、低年式の安い車になる程母集団のMT比率が増える傾向にあり、格安中古車などを狙っている場合はAT免許はいたずらに選択肢を狭めてしまう可能性があります。ちなみにムーブは最近のモデルではMTはラインナップされなくなっています。
いわゆる軽セダンと呼ばれているようなハッチバックタイプの軽自動車は、車種によりさらに複雑になってきます。
例えば、アルトはCVT、AGS、MTのラインナップとなっており、AT免許ではMTの個体は運転することができません。
ミラの場合は現在全車MTのみのラインナップで、AT限定免許ではATやCVTがラインナップされていた時代の中古車を探し当てない限り運転できません。しかし、ラパンやトコット、ミライースにはCVTしかラインナップはなく、どちらの免許でも運転可能です。
貨物車登録となるため税金や一部保険料が安い4ナンバーの車は、特に軽トラックの場合MT免許がなければ話になりません。レンタカーやホームセンターの貸し出し需要にATの個体も生産はされているものの、MTに比べ燃費が非常に悪く、ほとんど実用になりません。最近は少し改善された車種もなくはないですが、それでもMTには遠く及びませんし、個人で購入する場合に一番可能性の高い農繁仕様の個体は全車MTのみのラインナップになっていることがほとんどです。
軽バンの場合、最近はATが主流で、CVTのみのラインナップのキャディなども発売されてはいますが、中古車市場ではMTのものも多く、AT限定免許の場合は選択肢を狭められます。
MT免許は、確かに講習時間が長く、料金も1万円ほど高いというデメリットはありますが、MTのラインナップされている車種を買うのなら同じ車種のATに比べ、新車では1万円など誤差でしかない範囲で安くなりますし、中古車の場合でも1万円以上安い個体に巡り会える可能性が大いにあります。特に最近ではAT限定免許の普及でMT車は需要が少なく、ゆえに中古車の値段が大いに安くなる傾向があります（大きな事故歴もなく、比較的高年式で過走行でもないという優良物件が、なぜか異様に安いという場合、よくよく見て見たら単にMTだったということはざらにあります）。さらに、MTは仕組みが単純で、故障した場合ATやCVTに比べて修理代が安くなる傾向にあり、場合によっては自分で応急処置をしてとりあえず近くの修理工場や自宅までは走って帰ることができる可能性も高くなります。その分レッカー代なども助かるのです。結果的には「安くつく」免許はMTであると断言できます。
それに、MTは講習時間が長い分、安全な運行に関する知識や技術、法規についてもじっくり学ぶことができます。MTの車はATに比べて踏み間違えによる暴走事故が起きない分特に低速での事故率が低く、またブレーキの効きも同じ車種のATに比べると若干ですがよくなる傾向にあります。操作が複雑なため、将来子供にパクられて無断で無免許運転され、事故を起こされて保護者としての監督責任や管理責任を問われるというような事態（ex. こないだの岡山の件など）もMTの方が起きにくいのです。
AT限定免許は、生涯にわたってどのみちCVTなどのラインナップしかない特定の車種しか乗らないということが決まっている場合や電気自動車や燃料電池車以外は絶対に買わないという場合、自分の車は所有せずレンタカーやカーシェアリングで事足りるという場合、なんらかの四肢の障害などによりATでしか免許を取得できない場合を除き、全く勧められた選択肢ではありません。