昨年2月に1点の違反で、今年1月の違反2点の場合、3ヶ月後に前回

昨年2月に1点の違反で、今年1月の違反2点の場合、3ヶ月後に前回と同様0に戻りますか？
次回免許更時、ブルー5年が3年になってしまうのでしょうか？

なりません。
3ヶ月で累積0点扱いになるというのは、その違反から過去2年以上無事故無違反であった人への優遇措置です。
今回と前回の違反の間隔が2年ないので対象外です。
次回の免許更新は青3年の「違反者更新」ですね。
過去更新区分は、更新時の誕生日の40日前を基準として、そこから過去5年間の違反歴の有無で決まります。累積点数の有無で決まるものではありません。