就職するのですが、必修科目に普通自動車免許（通勤用）と記載されてい

就職するのですが、必修科目に普通自動車免許（通勤用）と記載されていたのですが、ATとMTどちらを取得すればいいですか？

社用車に乗って仕事をするわけではなく、あくまでも通勤用ということなら、あなたが通勤用として購入するクルマに合わせればいいだけです。
まさか、会社が通勤用車両を準備してくれるのでは、ないでしょ？
会社が通勤用車両を準備してくれるなら、それがMT車かもしれないので要確認ですが、そんな気前のいい会社なんてないでしょう。

「就職」なのに「必修科目」と言うあたり、こんな人を採用して大丈夫かな、と言う気がしますが…。それとも求人票にそう書いてあるなら、そんな職場は大丈夫なんですかね。
「通勤用」でしか使わないなら、AT限定つきであっても構わないでしょう。車が無いと通勤できず、通勤用のバスなども提供されないような場所で仕事をするので、マイカー通勤が必須だよ、と言う意味で書かれているのだと思います。で、まさか会社が通勤用の車を出してくれるとは思えませんので、自分で買うことになるのでしょうから、AT限定ならAT車を買えば済む話ですよね。
それより、そういう意味で書かれているなら、就職する時点でマイカーを所有していないといけないことになるのでは？。結構ハードルが高いですね。

普通自動車免許なら限定無しですからAT限定は不可になります。
ただ（通勤用）ならAT限定でも問題ないと思いますが、普通は必修ではなく「自力通勤可能な方」と書いて自転車でも原付でも二輪でも通勤できれば問題なしとするものですが四輪に絞ることが不明です。

通勤用とのことですので、ATで問題ないかと思います。

MTなら確実です。
AT希望なら就職先に確認ですね。