今現在、普通車の一種免許を持っております。 - この間教習所を卒

今現在、普通車の一種免許を持っております。
この間教習所を卒業し、普通自動二輪の卒業証明書をもらいました。
兵庫県の免許センターのホームページで免許証発行の手数料表を見ると、試験関係で¥1750で必要なのはわかりましたが、免許証交付関係で新規交付では「基本」（¥2050）と「併記」（¥200）があります。普通車を既に持っている場合、「併記」扱いになり交付手数料は¥200で済むんでしょうか？

2050円です。
今回は普自二の免許だけですが、例えば、いっぺんに普自二とけん引の免許を二つ併記したいという場合は、2050円+200円となります。これが3免種となれば、2050円+200円＋200円という具合になります。

いいえ。その「併記200円」は、複数の種類を同時に併記する場合の、追加分の料金です。質問者さんの場合は、まず試験手数料1,750円を支払って試験(実際は適性試験だけ)を受け、合格したら2,050円を支払って交付手続きをすることになります。
200円の併記手数料がかかるのは、例えば原付免許だけを持っている人が、普通自動車と普通二輪の同時取得で、しかし指定教習所を利用せず一般試験で取得するような場合ですね。一般試験の場合、試験に合格しても取得時講習を受けないと免許証の交付手続きができませんので、普通自動車と普通二輪の試験をそれぞれ受け、合格した後に取得時講習をそれぞれ受けることになりますが、最後に2つまとめて交付申請をすれば、交付手数料2,050円に併記手数料200円を追加することになります。