自衛隊に入隊した時に自動車の普通車免許を取得することなく大型車免許を

自衛隊に入隊した時に自動車の普通車免許を取得することなく大型車免許を取得しました。
大型車免許を更新する際に深視力がありますが、この深視力検査で不合格になった場合、大型車免許も同様に更新できなくなります。その際に普通車免許が有効になり運転できるのでしょうか?

更新時の視力検査で、視力が基準に満たない場合は、更新が出来ないだけです。自動的に下位免許に降格されたりはしません。更新期限までに基準視力を達成できなければ、失効して免許を失います。再取得でも同じ基準の視力は必要なので、失効させたら免許を取り直す事はできなくなります。
なので、更新期限ギリギリまで頑張ってダメそうな場合は、申請取消手続き(俗にいう返納手続き)を取り、下位免許に降格した上で更新手続きを取るのが「最後の手段」です。
昔は、申請取消では持っている免許の返納しかできませんでしたので、大型しか所持していない人は免許を失うしかありませんでしたが、現在は持っていない下位免許へ降格することができます。深視力検査には合格しないが両眼0.7の基準が維持できるなら、普通自動車に降格して残すことは可能ですね。

片目を失明した、矯正不可能な状態に至った等どうしても視力基準を満たさなくなった場合俗に言う「格下げ申請」は出来ますよ。
大型免許等を返納し、そもそも大型免許で運転できたはずの範囲内で視力基準を満たす免種(普通免許等)を取得する形を取ります。
ただ、所謂返納手続きの類いであることや、一度格下げしたものは復旧出来ない等の理由で警察側としても煩瑣な手続きを要するため、何を以てしても明らかに更新不可能な状態で無いとすれば少し難色を示されます。

普通一種区分のみ更新などの処置は可能です。
ただ、大型区分の取得がいつであっても、中型８t限定や準中型５t限定などに引っ掻ける難しいかも知れない。