現在、準中型(5t)AT限定免許と、普通自動二輪AT限定免許を所持して

現在、準中型(5t)AT限定免許と、普通自動二輪AT限定免許を所持しています。
それぞれの免許の限定解除する場合、それぞれ別で限定解除の教習・手続きを行わなければいけないのでしょうか。
例
えば、準中型だけ限定解除をしたら、普通自動二輪AT限定は限定解除されるのでしょうか、そのままAT限定なのでしょうか。

自動車と二輪のAT限定は別物です。
両方の免許がある人でも、二輪だけAT限定、自動車だけAT限定という人もいます。
両方解除したければそれぞれ限定解除試験を受ける必要があります。

別々になります。この場合はバイクは限定解除にならないです。

なかなか、面白い質問ですね。ATの限定解除は、車種ごとですよ。なんで最初からAT限定なんか、カスみたいなのを教習したの？車種ごとに、手続き必要です。
乗り物が違うでしょう(笑)

準中型(5t限定)
準中型、普通車はATに限る
普通二輪はATに限る
と表記してあるでしょう。
自動車と二輪は別の乗り物です。
準中型(5t限定)
準中型、普通車はATに限る
=
普通車(MT)か準中型の
教習か試験(審査)を受けて
限定解除をしない限り
5t限定・AT限定
それぞれ
限定の表記は残ります。
小型・普通二輪はATに限る
=
小型・普通自動二輪(MT)
の教習か試験(審査)を受けて
ATの限定解除を
しないと
それぞれ
AT限定の表記は残ります。

四輪と二輪は上下関係にはありませんので、一方の限定解除が他方に影響する事はありません。

ほんなら、大型自動車免許取ったら大型自動二輪乗れるか？
それぞれ「別の」免許やで。