現在保有している免許証の条件に以下の限定が記載されています。準中型及び中二

現在保有している免許証の条件に以下の限定が記載されています。
準中型及び中二で運転できる中型はなく、準中車(5ｔ)に限る。
準中型車(5ｔ)と普通車の旅客車はAT車に限る。
この二つの
限定を全て解除するにはどういう順番で新たに免許を取得するのがいいのでしょうか？
解除したい理由は免許の条件を単純に消したいからです。

この条件は、2017年以前に、普通一種(AT限定なし)と普通二種(AT限定あり)を所持していた人が、2017年の法改正で普通一種→準中型5t限定、普通二種→中型二種5t限定に移行した結果ですね。質問者さんは現在、下記の免許を持っている状態です。
・準中型自動車(一種)の5t限定付き
・中型自動車(二種)の5t・AT限定付き
この場合、一気に限定条件を外したければ、中型二種のAT限定と5t限定を解除するのが適切です。それにより準中型についている5t限定も自動的に外れます。
ただし、試験場であれば一気に解除できますが、指定教習所の限定解除コースを取る場合は、中型二種5t限定のAT限定解除→中型二種の5t限定解除、と段階を踏む必要があるでしょうね。また、AT限定解除にはセダンが使われますが、あくまで中型二種免許の限定解除なので、中型二種を扱っている教習所でないと限定解除コースを実施できません。中型二種の5t限定の解除ではマイクロバスが使われます。
あるいは、この状態で大型二種免許を取得併記すれば、現在ついている全ての条件は自動的に外れます。ただしこれも、教習所では先にAT限定解除をするように言われるでしょう。

他の回答にもある通り、一気に大型二種免許取得！
AT限定も同時に解除され、まさにキングオブライセンスになります。

手っ取り早く条件を外したいなら中型二種か大型二種を取る
そこまでのお金はかけられないというのであれば
準中型の限定解除と普通二種のAT限定解除を行う
この場合、どちらを先に行っても構いません
限定解除を行った場合は、免許証の裏に限定解除のハンコが押され
表の条件欄は更新するか新しい免許を取るまで消えません
中型二種か大型二種を取れば条件欄も消えます
他の方が消えないと言われていますが、消えます
消えないというのは準中型ができたときにそれまでの普通免許と中型や大型を持っていた人が
改正後に中型や大型を持っているにもかかわらず
更新時に準中型は準中車(5ｔ)に限るという条件が付いたからです
これはその方が言われる通り既得権からくるものです
改正後に上位免許を取得した場合は、その既得権を放棄したとみなされます

①準中型免許のATと5t限定を解除
②中型二種免許または大型二種免許取得
上記の手順で条件は全て外れます。
②をいきなり行うことも可能ですが準中型5トンの条件は確か外れなかったかと。
(将来二種を返納した場合や深視力に通らなくなった場合に「新普通免許」へ格下げになってしまうため)