大学生男子ですが、AT限定の運転免許だと、資格として、MTの免許よ

大学生男子ですが、AT限定の運転免許だと、資格として、MTの免許より見下されるというか、就職などの時に不利になったりするのでしょうか？

そんなことが影響するのは、
ＭＴ車運転が必要な仕事だけです。
なので不利にはなりません。
それよりも学歴・学部の方が、
数千倍以上影響するでしょう。

大学卒業後の就職なので、まさかとは思いますが
就職先が、運送会社とか倉庫だとしたら
就職に不利になったりします。
たとえ配車係だとしても、限定免許よりは
限定されない方が有利です。
大手運送会社の幹部候補での採用でも
限定されない免許の方が有利です。
ただし、よりデキる（営業面で）人、
魅力ある人材の方がもっと有利です。
優秀な人材なら、
運転免許がなくても採用されたりします。

MT車を運転する機会のある仕事でなければ資格上は何の問題も無いでしょう。
けどね、たまにいるでしょう。
男でAT限定だと見下す人。
よく「そんなのは昭和時代のオッサンだ」とか「老害だ」とか書き込んでる人もいますが…
そのオッサンとか老害と言われる世代が面接担当だったりすることもあるわけで、不利になる可能性は無いとは言えませんね。

運送会社や土建業でなければ変わらない。

今時男性がAT限定免許だと言うだけで合理的な理由もなく落とすような企業を「ブラック企業」と呼びます。
なにも気にする必要はありません。

昨今、男でもMT持ってる人のほうが珍しい。
また、昨今営業車がMTしかないなんてことも珍しいから、不利になるとは思えない。