原付免許を取らずに小型限定自動や普通自動二輪を取得すると、免許証の免許項目

原付免許を取らずに小型限定自動や普通自動二輪を取得すると、免許証の免許項目１２個をコンプリートすることはできなくなるのですか？

「小型限定自動」と言う免許は無く、普通自動二輪の小型限定のことを言っているのでしょうね。あと、免許証の種類欄は現在は14枠あり、全15種類なので1枠が「け引」と「け引二」で共用です。
日本の運転免許制度は種類に上下関係があり、上位免許が下位免許の運転可能範囲を全て含む構成となっています。そのた、一旦上位免許を取得すると、下位免許を取得する意味がなくなるため、受験させて貰えなくなり、種類欄を埋められなくなります。埋めるなら、下位から順に取得していく必要があります。
原付と小型特殊自動車は全ての免許に対し下位なので、まずはこれを最初に取得します。その後に、普通自動二輪→大型自動二輪、および普通自動車→準中型自動車→中型自動車→大型自動車の順で、下位から上位に向けて取得します。大型特殊自動車とけん引はその途中のどこでも構いません。一種が済んだら二種です。
なお、限定条件は種類欄には関係が無いので、普通自動二輪を小型限定つきで取る段階を踏む必要はありません。

出来なくなります。
原付は最初に取るべき免許証です。
小型特殊も取っておいた方がいいですね。

出来なくなります。
先に二輪取っちゃうと、「原付」「小特」が埋まりません。
ちなみに「１２個」じゃなく今は「１４個」です。

そうなんです。
私もそれで原付、小特が埋まってません…(泣)

ハイ、できなくなります。
小型特殊と、原付を取ってからでないと無理。

小さいのから順番で取らないと、コンプリートできなくなります。