AT限定普通自動車免許を持っている際に準中型免許を取得するとMT車も運転

AT限定普通自動車免許を持っている際に準中型免許を取得するとMT車も運転できるようになるのでしょうか？

なります。
上位免許を取得すればAT限定は自動的に解除されます。

お考えの通りです。

上位免許の取得により無意味となる下位免許の限定条件は、自動的に解除されます。普通自動車免許をAT限定つきで所持している人が、AT限定の解除をしないまま上位の準中型自動車免許を取得した場合は、取得の時点で普通自動車に対するAT限定の条件はなくなります。

準中型免許を取得すれば普通免許のAT限定は自動的に解除されます。なお、準中型免許にAT限定はありません。
※法改正前にAT普通免許を取得した者は準中型免許にAT限定が付されている。

準中型免許を取得するとMT車も運転できるようになるのでしょうか？

運転可能