自動車学校で普通自動二輪の免許を取っています。普通自動二輪の免許を

自動車学校で普通自動二輪の免許を取っています。普通自動二輪の免許を取ったあとMTの普通自動車の免許をとろうと思うのですが、自動車学校の方で第1段階の学科は受けています。車は教習所でとろうと思うのですが、
学科はまた第1段階も受けないといけないんですか？

学科は2段階で2時間あるだけで後の学科講習も学科試験も免除です。

自動車学校や教習所では、運転免許は取れません。指定教習所は、卒業して本免許技能試験の免除を得るために通うのであって、免許は運転免許試験場で試験を受け、合格しないと取得できません。この事をまず理解しましょう。
なので、例えば指定教習所で普通二輪のコースを卒業しても、まだ免許が取れた訳ではなく、本免許試験の技能試験が免除になると言うだけです。その状態で指定教習所の普通自動車のコースに入っても、それは何も免許を持っていないのと同じことで、また最初から教習を受けなくてはなりません。
運転免許試験場で普通自動二輪免許を取得した後であれば、普通自動車免許を受験する時は学科試験免除になり、指定教習所の学科教習も2時間だけになります。
なお、質問者さんは「自動車学校」と「教習所」とが異なる存在だと誤解しているようですが、それは教習施設の自称の違いに過ぎません。各都道府県の公安委員会の指定(公認)を受けたか受けていないかは、「自動車学校」や「教習所」の名前で変わるものでは無く、それぞれがどちらを名乗るケースもありますよ。

車は教習所でとろうと思うのですが、 学科はまた第1段階も受けないといけないんですか？

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