自動車学校で普通車免許とるときに、最後に免許センター行って免許

自動車学校で普通車免許とるときに、最後に免許センター行って免許証もらっただけの記憶なんですが、免許センターで必ず最後に学科試験あるんですか？試験はすべて学校で終わらせるところもあり
ますか？

すでに自動二輪を取得していれば学科試験はありませんから適性検査だけとなります。その様な学科試験免除の要件がなければ試験を受けます。

公安委員会指定自動車学校であっても、いわゆる「本免学科試験」は行うことはできません。
茨城県だったかな？は、原付免許の学科試験を自動車学校に委託しているようですが、免許証の交付は試験場になるみたいです。このような例外を除けば、試験場で学科試験があります。

最初の免許は試験場で学科試験ありますね。
何か車種を追加するとかの場合は学科免除の場合が多いのでそのまま新しい免許を貰うだけで終わります。
教習所で学科試験を代行する事は、一部の地域で「原付」のみ位です。

はい。新規免許の取得に関しては、最終の学科試験は免許センターで行います。
すべてが学校では終わりません。ちなみに視力試験も免許センターで行うのが本番になりますよ…。

自動車学校(自動車教習所)は、運転の練習をサービスとして提供する民間企業に過ぎません。各都道府県の公安委員会の指定を受けた(公認の)教習所であれば、そこを卒業することで運転免許試験場の本免許技能試験の免除の特典が得られますが、それだけです。運転免許は、運転免許試験場で試験を受け、合格しないと取得できません。その運転免許試験は「適性試験・学科試験・技能試験」の3つで、指定教習所を卒業すれば技能試験は免除です。
そして、原付と小型特殊を除く第一種免許の学科試験は共通で、いずれかの種類の免許を所持していれば、他の種類の免許を受験する際には、学科試験は免除されます。なので、初めての受験であるか、原付・小型特殊自動車の免許しか持っていない人は、学科試験を受ける必要がありますが、既に普通二輪免許を持つなどしていれば学科試験は免除されます。質問者さんが試験を受けた記憶が無いと言うのは、このケースに該当したからではないですかね。
条件により、学科試験も技能試験も免除になる人が居ますが、適性試験は免除になりません。よって、指定教習所を卒業しても、必ず運転免許試験場で試験を受ける事になります。ただし、適性試験と言うのは実質的には視力検査のみですし、指定教習所を卒業できる人なら適性試験の条件はクリアできるはずですので、実質的な試験は無いようなものですね。試験手数料を支払い、視力などの検査を受け、合格したら交付手数料を支払って交付手続きに、とスムーズに流れるでしょう。