自動車の本免試験って3ヶ月以内に合格しないと仮免許を返さないといけないんですか

自動車の本免試験って3ヶ月以内に合格しないと仮免許を返さないといけないんですか？
また教習所を通い直すことになるんですか？

もう卒業されたのですか？
教習所を卒業されたのなら卒業証明書（兼卒業検定合格証明書）が発行されていると思いますので、卒業されてから1年間は運転免許試験場における運転免許試験のうち、技能試験が免除されます。
技能試験を行わないので、仮免許は有効期限が切れていても支障はありません。
但し、有効期限の内外にかかわらず仮免許証は受験申請時にきちんと返却してください。
ちなみに、普通免許AT限定の解除等、運転免許の"限定解除"のために指定教習所を卒業した場合は発行される書類が「技能審査合格証明書」となり、これの有効期間は卒業から3か月となりますので、３ヶ月以内に申請する必要があります。
(これは適性試験および学科試験等が無いので申請のみで手続きが完結します。だから有効期限が3か月と短いです。)
混同しやすいのでご注意を！

仮免の有効期限は6か月です。

もと指導員です。

誰ですか、そんなデタラメを教える人は？
指定教習所を卒業すると卒業証明書が発行されますが、
有効期間は1年です。
その間に住所地の運転免許試験場で適性及び学科試験に
合格すれば、運転免許証が交付されます。
手持ちの仮免許証は有効期限が切れても構わないので、
本免許交付時に仮免許証を係員へ渡して下さい。

みきわめの有効期限が、3ヶ月というのは、ありますね。卒業検定技能を、合格する期限です。
卒業証明書には、一年の期限あり、免許センターで、学科試験に合格しないと、いけません。
仮免は、別に取得から、６ヶ月の期限があります。
みきわめ期限内に、合格しないと、また、一からやりなおしです。
仮免は、有効期間内に二段階終了可能なら、有効となり、仮免持ち入校という形もあります。
ともあれ、みきわめから、時間あけずに、ふつうは、受検合格されます。

そのような規制はありません。仮免許は、本免許に合格した時か、期限が切れた時に返納します。また、指定教習所の卒業生なら、もう仮免許は使用しないので、最初に本免許試験を受験する時に返納してしまうのが普通です。
指定教習所を卒業すると、その卒業証明書で本免許の技能試験が免除されますが、その有効期間は1年間(大型特殊とけん引は3か月)です。