6月に自動車ブルー免許の更新（5年）を迎えますが、この免許の前

6月に自動車ブルー免許の更新（5年）を迎えますが、この免許の前はゴールド免許でした。現在の免許証となってから違反は無く、ゴールド免許になるものと思っていたところ、「一般・5年」の案内
が届きました。違反記録確認の為、現在「運転記録証明」を申請中ですが、こういうケースはあるのでしょうか？因みに期間中に盗難に遭い再発行を行なっており、また転居にて住所変更も行なっています。それらが何か影響していたりするのでしようか？また自身の記憶違いは無いと思っておりますが、こうした間違った案内がされるというのはあり得ますでしょうか？

転居や再発行は関係ないですね。
前回の違反は更新年の誕生日から41日以上前でしたか？
誕生日から40日以下で違反があればブルーです。
そこがみそです。
前回の更新ギリギリに違反いていてはブルーになります。
また、その場合ですと、当てはまるかはわかりませんが、ゴールドになる裏ワザがあります。
それは5年間違反なく新たな免許を取得するとゴールドにると言うことです。
質問者様の場合ですと次の更新まで5年間ブルーになりますし、今の時点で無事故無違反が5年経過してる可能性があります。
極端な話、更新でブルーになった翌日に新たな免許取得でゴールドってこともあり得ます。
法改正により、小型自動二輪は非常に取得が簡単になっています。
あくまで質問者様のように期間のズレで不利益を被ってしまっている方にはオススメかと。
お金はかかりますが、最短2日で取得できますから。

免許の更新区分は、更新時の誕生日の40日前を「基準日」として、そこから過去5年間の違反歴を見ます。
誕生日が6月の何日かはわかりませんが、仮に6/15が誕生日だとしたら、5/5が基準日になります。
2015/5/6から2020/5/5までの間に違反があれば「優良」ではなくなります。要は誕生日基準ではなく40日ずれた日から過去5年をみるのです。
更新通知のハガキの直近の違反が記載されていたと思いますが、それにはなんてかかれていますか？

続きは、運転記録証明が届いてからですね。そこに質問者さんが忘れている違反が記録されているかも知れません。あるいは、質問者さんが盗難に遭った免許証を、誰かが違反の時に提示し、違反記録として擦り付けられたのかも知れません。

前免許から今の免許に切り替えるときにも違反等していないのでしょうか？
対象の期間の５年間は誕生日等から微妙にずれていますのでね。
優良運転者については、道路交通法第９２条の２及び同法施行令第３３条の７に定められており、更新前の免許証の有効期間が満了する日の直前の誕生日の４０日前等の日から前５年間に違反を行った場合には、優良運転者にはならないものとされています。

更新の際の区分判定は誕生日の40日前に行われますので、ゴールドになるのは誕生日の41日前から5年間無事故無違反だった人です
したがって5年前の誕生日の40日前〜更新の間に違反をした場合は免許期間中無事故無違反であってもブルーになります
再発行や住所変更は無関係です
ごくごく稀ですが違反した際に他人の名前を騙る事件もあります