普通自動車運転免許 - 必須（ＡＴ限定不可）という求人でAT限定の免許しか

普通自動車運転免許
必須（ＡＴ限定不可）
という求人でAT限定の免許しか持ってないのですか？
限定解除費用は会社が出してくれますか？
というか応募できないのですか？

はい人手不足の小売りでも限定解除費用出すなんてないでしょう

応募できないんじゃないでしょうか！？

会社が金出すなら『AT限定不可』と書かないと思いますが・・・

資格を有していないので、駄目でしょうね。
有資格者からの応募が、有れば相手にもされませんね。

「普通自動車運転免許必須（ＡＴ限定不可）
という求人でAT限定の免許しか持ってないのですか？」
それは応募者に聞くことで、会社に聞くことではありませんね。AT限定免許の所持者がわざわざ応募に訪れてきたなら、人事担当者が確認のためにそう問う事はあるでしょう。
「限定解除費用は会社が出してくれますか？」
会社次第ですが、普通は「いいえ」でしょう。
「というか応募できないのですか？」
応募するのは自由です。条件に満たなければ、面接もされずに断られるでしょう。