普通免許（オートマ車限定）を取りました。 - 仕事の関係で「中型自動車

普通免許（オートマ車限定）を取りました。
仕事の関係で「中型自動車免許を取るのですが、もちろん中型免許はマニュアル車で取ります」

今現在、免許証には、普通車で運転出来る自動車はAT車に限る。と書いてあるのですが

自動車学校でわざわざAT限定解除するより
中型免許のマニュアル取れば
普通車もマニュアル車で乗れるようになりますよね？
だって、中型免許さえあれば普通車も乗れるなら
同じように中型免許のマニュアル取れば普通車もマニュアルで乗れるハズ。

中型自動車免許にはAT限定がありません。必然的にMT車になります。
法令上は中型自動車免許を取得すれば、下位のAT限定条件は消えます。
いきなり中型自動車の教習ができるところもあるけど、普通（AT限定）から中型の教習認可をもっていないところもあるようで、そういった自動車では、一旦AT限定を解除してから中型の教習に移るということをしないといけません。

中型にはAT限定は初めからありません。
中型が取れれば、普通自動車もMTを運転できます。

端的に云うと、そういう事です。
中型免許の受験資格は…
準中型、普通、大型特殊免許のうち何れか一種類を現に受けており、これらの免許を有効に受けていた期間が通算して2年以上あること
普通免許がAT限定だと受けられないという事はありません。
もし指定教習所から「AT限定解除をしないと入所出来ない」と説明されたら、それは単に教習所側の都合でしかありません。(料金設定の関係でその方が安く済む等のメリットがある場合)

「もちろん中型免許はマニュアル車で取ります」
わざわざ書かなくても大丈夫です。中型自動車免許はAT限定付きでは取れません。
「自動車学校でわざわざAT限定解除するより 中型免許のマニュアル取れば 普通車もマニュアル車で乗れるようになりますよね？」
そうです。中型自動車免許があれば、普通自動車は制限なく運転できます。また、手持ちの普通自動車免許についているAT限定の条件を解除しなくても、中型自動車免許を併記すれば、下位免許となる普通自動車についているAT限定の条件は無意味になるので、自動的に解除されます。
ただし、指定教習所を利用して中型自動車免許を取ろうとする場合、教習所が「普通自動車AT限定つき」からの中型自動車のコースを用意しておらず、先にAT限定解除のコースを取る必要があるかも知れません。

AT限定解除は要らないんだけど、教習所のカリキュラム次第で「一旦限定解除して下さい」って言う所と「しないでも大丈夫」って言う所があるんです。
ですので、貴方が通う予定の教習所のカリキュラム次第です。
注)中型にAT限定は無い。だから「中型免許のマニュアル取れば」という文言はおかしい。