自動車学校で普通免許の講習を受けている中で、原付講習(有料)を受けるように

自動車学校で普通免許の講習を受けている中で、原付講習(有料)を受けるように言われました。原付は乗る予定が無いため要らないです。これは任意では無いのでしょうか？学校が独自に定める事で、断る事は出来ないので
しょうか？断る方法があれば教えてください。

原付教習自体は法定の教習項目ではないのですが、それが必修か任意かは教習所によります。その教習所が必須だと言うなら必須です。
料金を別にしているのは、既に原付免許を所持している人には要らないので、通常の料金と分けてあるのでしょう。

免許証に原付も記入される以上は無理なんじゃない？

本来は法定の科目ではないのですが、各地の公安委員会の指導や教習所独自の考え方により必須としている事があります。
(山形県なんかその典型例ですよ。)
中にはそれがきっかけでバイクにハマる方も(笑)