現在、自動車教習所に通っています。普通車の免許を取得する目的で

現在、自動車教習所に通っています。普通車の免許を取得する目的です。また、大型自動二輪免許を持っています。
卒検合格後の流れはどうなるのでしょうか。免許更新扱いになるのでしょうか。全くわからないので教えてもらえるとありがたいです。よろしくお願いします。

手持ちの運転免許証に種類を追加する手続きは併記といい、試験手続きの一環です。試験手続きなので、質問者さんが前に大型二輪を取得したのと基本的に同じです。「更新」の手続きではありません。
運転免許試験は「適性試験・学科試験・技能試験」の3つです。指定教習所を卒業すれば技能試験は免除になるので、普通自動車や自動二輪の免許を始めて取る人は、適性試験と学科試験を受け、合格すれば交付手続きに進めます。質問者さんも最初はそうしたはずですね。で、既に大型二輪免許がある人は、次に普通自動車免許を受験する時は学科試験も免除になりますが、適性試験は免除になりません。よって今度は、適性試験だけの試験を受け、合格してから交付の手続きを受ける事になります。
具体的な受験案内については、住所地の都道府県の警察のホームページで確認しましょう。受験、指定教習所の卒業生、学科試験免除、をキーワードに探せば該当のページが見つかるでしょう。試験手数料は学科試験があってもなくても同額です。都道府県によっては学科試験の有無により、受付時間を変えている場合があります。

教習所を卒業した後は試験場に出向き、手数料と適性検査に合格すれば免許が交付されます。
これは免許の併記と言います。
学科試験は免除です。
新しい免許を貰うので更新と同じく有効期間も延長されます。