大型二種免許を取得するための条件である、普通免許を取得してから3年以上経過し

大型二種免許を取得するための条件である、普通免許を取得してから3年以上経過している。というのはオートマ限定を持っている場合、限定解除してから3年以上ということになるのでしょうか？

AT限定でも立派な普通免許です。

AT限定の有無にかかわらず、普通免許等を取得した日から３年です。

AT限定のままでも3年以上経過していれば問題ありません
また、限定解除せずにそのまま大型の取得ができます（教習によっては限定解除してからというところもありますが、それはその教習所の規定になります）

いいえ。必要な種類の免許を持っていればよく、技能の限定条件については考慮されません。