小型普通二輪AT限定免許って普通免許に入りますか？

小型普通二輪AT限定免許って普通免許に入りますか？

入らない。
補足については、学科は全く同じなので、2時間の講習だけで、
学科試験は免除になるので、その分安くなります。

知恵袋の利用者さんは造語が大好きなようですが、「小型普通二輪AT限定免許」なんて名前の免許はありません。それに、小型限定は頭につけるのに、AT限定は末尾につけるなど、一貫性が無く変な表現になってしまっていますよ。普通自動二輪免許の小型限定付き、もしくは俗称の小型二輪免許と書くべきです。
「普通免許」の言葉は、一般的には普通自動車免許を指し、普通自動二輪免許のことは指しません。なので、普通自動二輪免許の小型限定付きは「普通免許」には入りません。その意味で使う人間が居るとしたら、頭の中が二輪免許のことだけしか無い、18歳未満の若い人だけでしょう。
「普通自動車免許を取るときの値引き」については、限定付きでも普通自動二輪免許を取得していれば、学科試験が免除になり、教習所の学科教習も大幅に減りますので、その分の教習費用は安くなります。ただ、別にこれは「値引き」で安くなるのではなく、所持免許によって受けられるコースが異なり、免許なしや原付き免許のみの人より安い料金設定のコースになる、と言う話です。

普通自動車免許とは異なります。
普通自動車免許で運転できるのは、普通自動車と軽自動車、原付と小特です。
補足
学科教習がほとんど免除されるから、その分が安くなるくらいかな。

学科は共通なのでその分の値引きはあると思います。

色々混ざった表現になってます。
そんな免許はありません。
一度表現したい免許を調べてから書いてください。