最上位の免許が大型免許である人が普通車に乗っている時に違反を

最上位の免許が大型免許である人が普通車に乗っている時に違反をした場合、罰金は普通車の金額ですか？

当然。

普通車での違反なら普通車の金額ですよ。

運転している車の反則金や罰金になります。

違反をしていた時に乗っていた車種の金額

罰金は裁判で言い渡される刑罰なので、どの車種だからいくら、とは決まっていません。情状などが考慮されて決まります。
質問者さんが言っているのは反則金の話でしょうね。反則金なら、違反をした車両により金額が定義されています。免許が大型でも、運転していたのが普通自動車なら、普通車の金額です。