オートマ限定の普通車免許でマニュアルで準中を取れば普通車のオートマ限定は解除

オートマ限定の普通車免許でマニュアルで準中を取れば普通車のオートマ限定は解除されますか？

はい。上位免許の取得により無意味となる下位免許の限定条件は、自動的に解除されます。
なお「オートマ限定」と言う免許はありません。普通自動車免許につく「AT限定」は、オートマチック車限定と言う意味ではありませんからね。また、準中型自動車免許にはAT限定はつけられないので「マニュアルで」を捕捉する意味はありません。

お考えの通り、普通免許のAT限定は準中型免許の取得をもって自動的に解除となります。

オートマ限定の普通車免許でマニュアルで準中を取れば普通車のオートマ限定は解除されますか？

解除されます