運転免許の種類の中に大型、中型、普通、けん引、自動二輪、大型二輪など

運転免許の種類の中に大型、中型、普通、けん引、自動二輪、大型二輪など、どれだけ取得しても、一つの免許証で賄って、更新の際にも、取得した分全て一気に更新しますよね。更新の際に、一つだけ更新しない、もうい
らないって事は出来るのでしょうか？例えば、転職したから、もう乗る事はないだろうし、更新の度に、深視力(棒を3本揃ったらボタン押す)が面倒なので、大型は更新しません。もういいです。中型のみにしますなど、どれかだけ返納？って出来るのですか？

一部返納はできます。深視力は中型も必要です。必要ないのは大特、普通、自動二輪、原付、小特です。あと中型８トン限定と準中型５トン限定も必要ありません。
大型、中型、準中型、けん引、全ての二種免許は深視力が必要です。

必要の無い免許を返納する事は可能ですが、深視力は準中型+中型免許+普通２種はあります。１種も同じ。２種の準中型はない。

無理ですよ。
因みに、一つでも取消しになったら、全部取消しになります。

中型、牽引も深視力は必要ですよ。
必要の無い免許を返納する事は可能です。

更新手続きではできませんが、更新に先立って「申請取消」と言う手続きを行う事で、所持している免許の一部を返納してしまうことはできます。ただし、上位免許を残して下位免許を返納することはできません。例えば、普通自動車を残して原付を返納する、と言う事は不可能です。
あと、「深視力が面倒だから」で大型自動車を返納しても、中型自動車にも深視力検査はあるので無意味でしょう。深視力検査のない普通自動車まで落とす必要がありますよ。また、申請取消では、持っていない下位免許への降格もできるので、例えば普通自動車を持たず準中型や中型自動車だけを持っている人が、それらを返して普通自動車に降格することもできます。
もしくは、意図的に更新をせず失効させて、再取得する時に全ての種類を対象とせず一部を放棄し、一部選択して残す事も可能です。こちらは申請取消と違い、下位免許だけを放棄する事ができますので、大型自動車だけ残して原付、普通自動車、中型自動車を放棄する、なんてことができます。ただ、失効再取得では免許歴が途絶えてしまうと言うデメリットがあります。