免許がいる水上バイクといらない水上バイクは何が違いますか？

免許がいる水上バイクといらない水上バイクは何が違いますか？

水陸両用車は、道路を走る自動車の免許と、水上を走る船舶としての免許が必要です。

免許がいる水上バイクといらない水上バイクは何が違いますか？

自動車の運転免許カテゴリーではなく、マリンスポーツ関連のカテゴリーに変えた方がいいと思います。
あまり詳しくは無いのですが、いわゆる「２馬力艇」に該当する船は免許不要なので、そこが基準になると思いますよ。