現在普通二輪の免許を取得中(1段階)なのですが急遽自動車免許が

現在普通二輪の免許を取得中(1段階)なのですが急遽自動車免許が必要になったので取りに行きたいのですが学科は2度受けることになりますか？？

学科免除になるのは二輪免許を取ってからですが、
同じ教習所なら学科免除になる可能性がありますよ、最初から同時教習受ければ学科は１回だけで済みますから教習所に聞いてみることです。

教習所に相談してください。
試験は一回だけです。