普通自動車二輪免許を取ってから準中型免許の取得をしようと考えているのですがその

普通自動車二輪免許を取ってから準中型免許の取得をしようと考えているのですがその場合も学科試験は免除されますか？

ええ。仮免許、本免許とも、学科試験は免除になります。ただし、指定教習所のコースでは、学科教習が3時間あります。

全て免除にはならなかったと思います