普通自動車免許を持ってて、今度普自二免許を取ろうと思っているんです

普通自動車免許を持ってて、今度普自二免許を取ろうと思っているんですが、車校での卒業検定を受けて合格したら、免許センターに行って学科試験を受けないと行けないのですか？

免許センターに出向く必要はありますが、学科試験は免除です。
適性試験(視力等)と書類手続きで新しい免許証が交付されます。

学科試験無しで、併記手続きすればOK。

学校終われば、免許センター行って免許証の書き換えだけです。

いいえ。