いきなり、大型自動二輪（マニュアル）の免許を取るのは難しいと思

いきなり、大型自動二輪（マニュアル）の免許を取るのは難しいと思いますか？
合宿か教習所に通って取得したいと考えています。
ちなみに免許は普通車AT限定免許しか持っていません。

教習プランで
二段階の普通→大型自動二輪ではなく、
大型自動二輪から受けさせてくれるかどうかですが、
他は
あなたの運転技術によりますね。
原付と同じく普通自動二輪も取得できますから普通自動車免許を取得する前から
原付や単車を乗り回していれば
大型自動二輪は問題ありませんね。
それなら
普通自動車免許を
取得するときもMTを選ぶでしょう。
女性でも普通自動二輪から
教習する人はいましたし、
普通自動二輪(小型限定)から
教習を受けている人もいましたよ。
心配なら身体や運転に馴染んでから
大型自動二輪でも問題はないでしょう。

自信がないなら普通自動二輪あるいは小型限定からとればよいだけのこと

教習所に通って取得するのであれば、別に無謀ではありませんよ。教習で使われる NC700 あたりのバイクは扱いやすいですしね。ただ、普通二輪の取得を経由した方が、時間や期間的に有利な制度設計になっているので、わざわざ「いきなり大型二輪を取る」メリットはありません。
あと、既に普通自動車免許を持っているなら、合宿はお勧めしません。学科試験免除の人は学科教習が1時間しかなく、しかし空き時間に技能教習を詰めこむことも法律の制限でできないので、毎日2～3時間の技能教習以外にできることがなく、暇つぶしに苦労することになりますよ。

1日の技能教習時間は、決まっているので
学科教習が第二段階で1ｈしかないのは、
合宿では、かなり暇だと思う。
又、教習所によっては、普自二を経由しないと
大自二の教習受けれないところもあるので
確認して入所ください。

指定教習所通うんだったら無問題。
中免(普通二輪)無いとダメだとかあ～でもないこ～でもないって語る方居るけど、たとえ白紙からでも練習させて取らせるのが指定教習所であり、プロの指導員ってもの。
ただ、料金設定の関係でいきなり取るよりステップアップさせた方がメリットあるからそうしているだけ。
それに日本国内で初心者が手に負えないようなバイクはそもそも売ってない。

普自二飛ばして大自二だと補習が沢山つく
可能性が有り下手すると普自二経由より
高くつく事も有ると聞いた事が有ります。