持っている免許は、普通AT限定なのですが。 - 牽引免許を取ろうと

持っている免許は、普通AT限定なのですが。
牽引免許を取ろうと思っています。
教習車はMT車でやるそうなのですが、取得した場合
トレーラー（船など）を引っ張っている時はMT車に乗れるという事でしょうか？

いいえ。AT限定がついたままの免許では、公道ではAT車しか運転できませんよ。
けん引免許の教習と試験には、MTの中型相当のトラクターヘッドが使われます。それを問題なく動かしてけん引免許を取れる人なら、一般試験ででもATの限定解除を余裕でこなせるでしょうから、とっとと解除しましょう。