普通AT限定免許から大型免許を取得すると免許証の普通車はAT車に限るの

普通AT限定免許から大型免許を取得すると免許証の普通車はAT車に限るの条件は消えて、普通MT車も運転出来ますか？

はい。
・大型自動車免許で、普通自動車のMT車を運転できます。
・上位免許を取得すると、その上位免許で無意味となる下位免許の限定条件は、自動的に解除されます。大型自動車免許にはAT限定はつけられないので、大型自動車免許の取得により、下位の普通自動車免許についているAT限定の条件は無意味となり、解除され限定なしの普通自動車免許になります。よって、普通自動車免許でも、MT車を運転できるようになります。

大型自動車免許には「AT限定」がないので、免許取得の際は、MT大型車で教習すると思います。
免許取得後は普通MTも乗れます。

お考えの通りです。