バイクの免許を取るとき車の免許があると学科は免除されると聞い

バイクの免許を取るとき車の免許があると学科は免除されると聞いたのですが、免許センターでの学科試験も免除されるのでしょうか？

そうです。

お考えの通りです。
原付・小型特殊免許以外の第一種免許を既にお持ちならば後で他車種の第一種免許を追加する際に学科試験は免除となります。