免許の点数の加点、免停についての質問です。 - 今年前歴1回の状態で

免許の点数の加点、免停についての質問です。
今年前歴1回の状態で6月に携帯所持、8月に速度超過、計6点で90日間免停になり、講習を受け、最近免許が戻り運転をしております。
質問内容は、同年6月に住まいとは他県で、速度超過でねずみ捕りに止められ、私は身に覚えが全く無かったのでサイン拒否をし、違反金を払わず、先日反則金通知書のピンクの用紙が届きました。
免停前の意見の聴取の際、自身の運転証明書を提出しましたが、その中には6月の携帯所持、8月の速度超過のみ記載されており、サイン拒否をした6月の速度超過に関しては載っておらず、点数も加点されていませんでした。
反則金を払ったタイミングで、違反を肯定した事になり、点数が加点される様な仕組みなのでしょうか？
加点されるタイミングや、加点される日付が分からず、前歴2回なのでもし加点されたら再度免停になってしまうのでしょうか？
免停にならないのであれば、後々厄介にはしたくないので、反則金は払おうと思っております。

>反則金を払ったタイミングで、
>違反を肯定した事になり、
>点数が加点される様な仕組みなのでしょうか？
いいえ。違います。
違反点の加点は警察→公安委員会に通知が行く→公安委員会の処理
となります。なので、これはあくまでも事務処理なので、
対応に時間差が生じます。
なので、違反点の加点行為の日付は意味がなく、
あくまでも違反日に違反点が発生したというルールになります。
実際には処理があるので違反点加点処理は違反日より後ですが、
違反点の効力は違反日にさかのぼるというルールです。
>加点されるタイミングや、加点される日付が分からず、
>前歴2回なのでもし加点されたら
>再度免停になってしまうのでしょうか？
上記の通り、違反点は違反日当日に発生したことになる
ルールです。
そして免停処分が終了すると、
それまでの違反点が消失するというルールもあります。
なので、質問者さんは８月の速度超過に関しては、
免停処分終了後に違反点加点があったとしても、
一緒に消失しています。
よって前歴２の状態に対して６月の速度超過の
違反点が影響することにはなりません。
>免停にならないのであれば、
>後々厄介にはしたくないので、
>反則金は払おうと思っております。
勘違いされているようですが、
反則金を払う払わないは運転免許処分とは
何の関係もありません。
運転免許処分を担当するのは警察でも裁判所でもなく、
公安委員会です。
公安委員会は違反切符のサインを拒否しようと、
サインをして反則金を納付しようと、
違反点の加点を行い、違反点が基準であれば、
免停処分や免許取消処分は執行します。
それに対抗するためには、
・違反をしていない
ということを公安委員会の不服申し立てや、
公安委員会相手の行政訴訟で証明しなければ
なりません。
反則金を払わない場合ですが、
これは、
・自分は反則金制度の適用を拒否する
・違反の事実を刑事裁判で争う
という意志を表明することになります。
なので、反則金納付の無視を続ければ、
起訴され裁判となり、裁判において
・運転免許処分（行政処分）ではない刑事処分
・具体的には反則金や罰金刑や懲役刑
に関する刑事裁判を行うということです。

点数がつくとすれば、違反日でつきます。点数の加算と反則金の支払いは無関係です、否認していようが、反則金を支払おうが加算されるときは加算されます
6月の違反が加算されていない理由は、処理の遅れなのか、加点しない判断になったのかは不明ですが、免停処分が終わった段階でそれまでの違反点数はまとめて0になり、前歴が1増えます。
処理が遅れていて、後で加点されたとしてもすでに処分済みなので改めて処分されることはありません