大型免許を取るには普通免許取得後3年経過という条件がありますが、

大型免許を取るには普通免許取得後3年経過という条件がありますが、正確には普通MT取得後3年経過ということらしいのですが、AT限定取得後3年経過では教習所へは通えないでしょうか。。。

違います。
別にAT限定でも3年経っていれば問題無いです。
極論を言えば普通免許無くても大特3年でも可です。つまりATMT関係無いです。
が、教習所によって「まず限定解除して下さい」って言うところもあるので、通う予定の教習所で条件等は訊いて下さい。
取得資格自体はAT限定云々は関係無いです。

簡単に言えば、そのようなことはございません。
他の回答にもありますが、普通免許がなく大型特殊免許しか持ってない方でも通算3年持っていれば大型免許は取得出来ます。
なお、AT限定普通免許を土台にした場合はAT限定の無い普通免許からよりも4時間ほど技能教習時間が増えます。
また、大型免許取得をもってAT限定は自動的に解除となります。