今、普通二輪の免許取得の為教習所に通ってる者で、来週中には卒業出来そうなのです

今、普通二輪の免許取得の為教習所に通ってる者で、来週中には卒業出来そうなのですが、卒業した後の免許センターは現在全て予約制になってるのでしょうか？自分は普通免許を持って居て学科試験を受ける必要がありま
せん。なので卒業証明書を持って更新するだけで良いのですが、それすらも予約制なのですか？

質問者さんの住んでいる県の運転免許センターに問い合わせするのが1番良いので問い合わせしてみて下さい。

指定教習所の卒業生の本免許試験は、技能試験が免除です。平時は、大抵の都道府県で学科試験の予約制は取っていないので、一部の予約制や申込制を取っている都道府県を除き、本免許試験には予約は要らないものです。
しかし、COVID-19 禍の3密対策として、更新や試験の手続きが予約制になっている都道府県が一部にあります。その都道府県の住人であれば、予約を取らないと受験はできません。
「自分は普通免許を持って居て学科試験を受ける必要がありません。なので卒業証明書を持って更新するだけで良い」
誤解しています。確かに学科試験は免除ですし、指定教習所の卒業生なので技能試験も免除ですが、運転免許試験には適性試験があり、これは免除にならないので、試験は受けないといけません。よって「更新するだけで良い」ではありません。
ただし、COVID-19 対策として行われている運転免許試験の予約制は、例えば大阪府では試験手続きではなく「学科試験」を対象としていますので、学科試験を受ける必要が無い人は予約は要りません。このあたりの運用は都道府県により異なるので、受験する都道府県の警察のホームページを見て確認をしましょう。予約が必要な対象が「試験」全体なのか「学科試験」だけなのかで、取るべき行動が変わってきます。

地域に寄ります。としか

質問者様がお住まいの都道府県でしか受けようが無いので、お住まいの都道府県がわからないと回答しようがありません。
参考
山形県は技能試験を伴う方のみ前日までの予約制(電話可)、その他の方は予約不要。

せめて都道府県を書かないと答えられません。
恐らくですが、適性検査のみの併記なら予約は不要だと思います。