AT車の免許を取得しようと教習所に通おうとしています。この免許を取ると

AT車の免許を取得しようと教習所に通おうとしています。
この免許を取ると原付は乗れるんですか？
別のコースで原付免許のコースがあるんですか？

上位免許を取得すると下位免許で乗れる車両も運転できるようになります。
AT限定の普通自動車免許でも、原付(MT・AT問わず)を運転することは可能です。
自動車学校では学校によります。自分のところは原付に乗って二輪用コースを走り回る授業がありました。けど、原付免許は学科だけで取得できるものですから、実技体験が無い学校もあるみたいです。

普通AT免許を取れば原付も乗れるようになりますが原付の実技の授業は普通ATの教習には含まれていません。独自に練習するしかありません。普通ATを取る前に原付を取れば、原付学科試験合格後にほんの少しですが実技講習があり乗れます。

今後学科教習で習いますが、原付(総排気量50cc以下のバイク)は小型特殊免許以外の全ての免許で運転できますので、原付免許を別途取得する必要はありません。

AT限定でも普通免許を取得すれば原付と小特も運転できます。(原付・小特はMTも運転可)
原付の教習はありません。(原付講習はありますが、これは原付免許を取る人が受けるものなので、普通免許や二輪免許の人は不要です。)

乗るだけなら誰でも乗れます。
原付は小型特殊免許以外のどの自動車運転免許でも運転できます。
普通自動車免許AT限定免許の場合、
普通自動車はAT車しか運転できませんが、原付はATしかもMT車も運転できます。