運転免許試験を落ちてしまいました。1回目は手数料納付書で払ったのですが、2

運転免許試験を落ちてしまいました。1回目は手数料納付書で払ったのですが、2回目は現金で払ってもいいんですか？

いいえ。1回目も2回目も変わりませんよ。まあ、いずれにしても、必要な現金は持参しましょう。
質問者さんが言っている「手数料納付書」って、証紙を張る台紙の事では？。であれば、初回は卒業した教習所が用意してくれたのかも知れませんが、本来は受験生が自分で、証紙の販売窓口に行って買い求めるものです。たいていのところは、台紙に必要な証紙が貼られた状態で引き渡してくれると思います。