免許証による本人確認って、例えば警察や公安に問い合わせたらその人物は

免許証による本人確認って、例えば警察や公安に問い合わせたらその人物は実際にいます的な事を教えてくれるのですか？
それとも個人情報だからそんなことは教えてくれないのでしょうか？

一般人の問い合わせには答えてもらえないですよ。
きちんとした理由があり、弁護士などが請求した場合には
情報を開示してくれますけどね。

警察・公安が法を犯して個人情報は教えません。弁護士が裁判所の許可でも貰わない限り口外しません。
よく銀行等で本人確認しますと言って、コピーを取り、免許番号を書きとりますが、それ以外何の意味もないです。
住所と名前と写真があってますねで良いけど、行員が仕事をしてますよという社内証拠だけですね。

免許証による本人確認は、問い合わせるためでは無く（ご承知の通りで教えてもらえない）、オーソライズされた証明書を所持していること自体がその人物の存在証明になるから行われています。
偽造などもあるかもわかりませんが、その場合は偽造なら偽造で刑事罰があったりすることで人物確認の責任は果たせているので。