普通自動車免許を持っている状態で、大型自動車の免許を取る場合、本面試

普通自動車免許を持っている状態で、大型自動車の免許を取る場合、本面試験の学科は免除されますか？（もともと普通免許取ってから3年経ってからが条件なので学科自体ないかもしれない。）

お考えの通りです。

学科免除ですよ。自動二輪でも学科免除です。

学科試験は免除です。(学科教習は１時間あります。)
原付・小特以外は学科試験共通なので、自衛官特例でいきなり大型を取る人を除き、大型で学科試験はありません。

大型一種なら免除ですね。大型二種なら二種用の学科試験があります。

はい。原付と小型特殊を除いて、第一種免許の学科試験は共通で、既にいずれかの種類の免許を所持していれば、他の種類の受験時には学科試験が免除になります。
大型自動車は、普通、準中型、中型、大特のいずれかの自動車免許を所持していないと受験資格がありませんので、受験できるなら学科試験は必ず免除です。